WGS全基因组脱靶检测

产品介绍常见问题经典案例


WGS全基因组脱靶检测

产品介绍常见问题经典案例


全基因组范围内进行广泛扫描,精确检测编辑信息。
WGS全基因组脱靶检测:对具有参考序列(Reference Sequence)的不同个体,
采用WGS方法进行全基因组测序,
经生物信息分析,在全基因组范围内发生的SNPs和InDels进行精确分析。

  • 检测全面
  • 精准分析
  • 专业背景强

基于成熟的生物信息分析人才,专业的项目分析,可以根据客户不同要求分析个性化内容,
在全集因组范围内对编辑位点和脱靶位点,进行精确的定位分析,并且针对于感兴趣片段进行准确定位。

科学的研究方案

从建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

1、客户需要提供给我们参考基因组序列信息;
2、编辑物种,编辑类型;
3、sgRNA序列信息;
4、编辑基因序列信息或插入片段序列。

信息分析

脱靶检测 分析内容
基因敲除

基本信息分析部分

1.原始序列信息
2.测序数据质量评估
3.将原始序列与参考基因组进行比对分析,统计覆盖度,检测SNP/InDel
4.sg RNA 同源的序列区域进行筛选
筛选全部基因组区域内所有 sgRNA 同源区域,并根据同源分数进行排序

高级信息分析

5.sgRNA 同源区域脱靶检测
编辑前后样本序列信息比较,SNP、InDel进行分析,并且对 sgRNA 上下游100bp序列,做进一步分析,避免错失突变位点序列
6.PAM区扫描潜在脱靶位点
在 sgRNA 同源区域中,筛选 PAM区 NGG结构,例如 AGG,TGG,CGG,GGG,对 PAM区发生的SNP,InDel 情况进行统计
基因插入

基本分析

1. 数 据质控:去除含接头和低质量的数据
2. 与 参考基因组进行比对
3.统计测序深度及覆盖度
4. SNP/InDel 变异结果检测

高级分析

5.将插入序列mapping 到参考基因组中,确定插入具体位置
6.对插入位置或上下游基因进行功能注释
7.分析插入类型,杂合插入,纯合插入或者脱靶
8.分析同源序列插入情况
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