ChIP-seq

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解码蛋白与DNA结合的奥秘

ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,
分离与其结合的基因组DNA片段,并通过高通量测序,
在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点,
且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。

平台优,周期短,性价比高。

用于在全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段,
组蛋白修饰和表观遗传修饰的技术,研究这三个主题有助于洞悉蛋白
对基因表达的调控以及染色体的功能结构。
具有“覆盖全,周期快,分析科学”的优势,
已广泛应用于人、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等物种的研究。

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据分析,
每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

信息分析

诺禾致源ChIP-seq测序项目,通过对IP下来的合格DNA样本,建库测
序,获得高质量reads,根据SCC曲线判断IP效果,通过motif分析判断
IP的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,进行功能富集分析、
预测特异蛋白的功能,组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。

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分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对 scc分析,判断IP效果
peak峰calling 分析蛋白结合位点
motif分析 蛋白结合序列的偏好性
peak峰相关基因注释 寻找蛋白潜在调控基因
差异peak分析 分析不同样本间差异peak峰
相关基因功能分析 相关基因GO, KEGG富集分析

悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

ChIP-seq采用先进的HiSeq 2500测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目环节

至2015年12月,诺禾致源项目涉及人、哺乳动物((猪、小鼠、大鼠)、斑马鱼、
植物(水稻,拟南芥)、真核微生物(酵母,四膜虫)等30多种有参物种,
样本数高达351个,助力客户发表多篇高水平文章。
“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,
确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。

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