RIP-seq

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定制专属胞内RNA与蛋白研究

RIP-seq是研究细胞内RNA与蛋白结合情况,以RNA免疫共沉淀(RIP)为基础,
采用特异抗体对RNA结合蛋白或者特殊修饰的RNA进行免疫共沉淀后,
分离RNA,通过Illumina HiSeq测序,
在全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的RNA区域或种类,且可比较多个样品间差异。

新颖,精准,卓越。

采用卓越的RIP-seq技术,结合高性价比的测序数据和信息分析,
在全转录组范围内对蛋白结合位点进行筛选与鉴定,系统、全面、精准挖掘结合位点,
深度解析目标RNA种类以及其与蛋白的相互作用。

科学方案设计

从材料选取,建库测序,到数据分析,
每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

信息分析

诺禾致源RIP-seq测序项目,通过对IP下来的合格RNA样本,建库测序,
获得高质量reads,根据SCC曲线判断IP效果,通过motif分析判断IP
的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,进行功能富集分析、预
测特异蛋白的功能,以及特异蛋白结合的RNA种类。

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分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对 scc分析,判断IP效果
peak峰calling 分析蛋白结合位点
样品间相关性分析 判断实验分组设计是否合理
motif分析 蛋白结合序列的偏好性
peak峰相关基因注释 寻找蛋白潜在调控或者结合的基因
差异peak分析 分析不同样本间差异peak峰
相关基因功能分析 相关基因GO,KEGG富集分析

悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

RIP-seq采用先进的HiSeq 2500测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目环节

至2015年12月,诺禾致源已经成功对牛、鼠、猪、人,
拟南芥等20多种哺乳动物和模式植物进行RIP测序分析,根据客户研究的特殊性,
订制个性化实验方案,协助客户完成大量基于NCS的个性化分析。
“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,
确保每一个环节都能出色完成,助力出色的科学研究。

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